Nacido en Donostia-San Sebastián, el 10 de junio de 1945. Realizó sus primeros estudios en Escolanía de Santa María. Cursó los estudios de Humanidades, Filosofía y Teología en el seminario de Saturrarán y Donostia-San Sebastián (1958-71), Magisterio en San Pedro Regalado de Valladolid en 1968 y Ciencias de la Religión en el Instituto Católico de París en los años 1978-81.

Ordenado sacerdote en San Sebastián el año 1971, ha ejercido su ministerio en la parroquia Gurutzeaga de Aiete y en la Del Sagrado Corazon de Jesús de Loiola. Siendo Formador y Responsable de Estudios del Seminario y del Instituto de Teología y Pastoral de Donostia-San Sebastián en los años 1982-1999. Actualmente es Párroco de la Iglesia del Iesu de Donostia-San Sebastián.

Jesús María Zabaleta paricipa junto a Edorta Kortadi y Mario Sangalli en las conversaciones 'Encargos divinos'.